Belastning av organiskt material kan leda till övergödning som framförallt kan visa sig i dåliga syreförhållanden. Finns det risk för detta bör såväl biologiska som fysikalisk-kemiska kvalitetsfaktorer undersökas.
I vattendrag indikerar till exempel kiselalgernas underindex % PT* organisk förorening. Även bottenfauna kan vara användbart. I sjöar är profundalbottenfauna oftast den bästa indikationen på hur påverkade de djupare bottnarna är av organiskt material och dåliga syreförhållanden.
I kustvatten är bottenfauna användbart för att uppskatta graden av stress. I prover från mjuka bottnar bedöms ett bentiskt kvalitetsindex (BQI) som bygger på arternas känslighet för störning.
*PT= Pollution Tolerant valves (arter tåliga mot lättbrytnedbara organisak föroreningar)
Vattnets förmåga att lösa syre minskar med ökad temperatur och ökad salthalt därför brukar man ange den uppmätta mängden syre både som halt (mg/l) och som syremättnad (%).
Organiskt material kan mätas som:
Inom den nationella övervakningen har man allt mera frångått att analysera COD då analysmetoden ofta inkluderar miljöfarliga ämnen som exempelvis kvicksilver. Enligt SNFS 1994:7 kan man ersätta COD med TOC om man kan fastlägga ett bestämt förhållande mellan parametrarna för det specifika vattnet.
Förutom syrgas finns det ingen fysikalisk-kemisk kvalitetsfaktor för bedömning av detta miljöproblem i de svenska föreskrifterna för vattendirektivet, HVMFS 2013:19. Tillståndsklassning av TOC kan göras utifrån Naturvårdsverkets rapport 4913.